脊髓空洞症针对引起患者空洞的原因进行有效的手术处理后，例如对小脑扁桃体下疝引起的脊髓空洞进行寰枕畸形减压+小脑扁桃体电灼或部分切除+硬膜扩大成形术，对脊髓拴系引起的脊髓空洞进行脊髓拴系松解等手术治疗后，患者多能逐步恢复，不会遗留严重后遗症。
但有一些患者术前神经功能障碍严重，或脊髓与硬脊膜或周围组织粘连严重，则术后有可能出现神经功能障碍加重，较为严重的后遗症是不同程度的肢体肌力下降、感觉障碍和大小便失禁等。
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