舌咽神经如果出现病变了，可能最常见的是舌咽神经疼。治疗神经疼特效药主要是抗癫痫类的药物，比如卡马西平、加巴喷丁、苯妥英钠、普瑞巴林等药物。这些药物可以有效的制止神经疼的发作症状，能够缓解神经疼。
目前舌咽神经疼引发的原因，可能是一个血管神经交互压迫的结果，就是舌咽神经出颅处有血管搭在神经上。随着年纪的增加，血管逐渐出现动脉粥样硬化了，弹性减弱了，它的波动型的刺激就会导致出现舌咽神经疼。如果药物控制不好的情况下，可以选择微血管减压术来进行治疗。
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