干燥综合征主要侵犯的是外分泌腺，但是同时它可以并发一些内脏的损害，比如说从呼吸系统的损害来说，可以出现慢性干咳，各级的支气管和细支气管黏膜也可以累及，会出现肺间质的改变，甚至出现肺动脉高压；如果是并发了消化系统的表现，胃肠症状是最常出现的。由于唾液减少引起食管的干燥，可以出现吞咽困难，还可以出现萎缩性胃炎和消化不良；还有的病人会出现肝脏的损害，表现为肝脏的增大、肝酶和碱性磷酸酶的升高，病理活检可以发现类似于原发性胆汁性肝硬化和慢性活动性肝炎的病变；胰腺的病变比较少见；肾脏的损伤，30%到50%的干燥综合征患者都会出现，多为肾小管的病变，肾间质有大量的淋巴细胞浸润。主要表现的是肾小管酸中毒导致的低钾性肌肉麻痹，严重者会出现肾脏的钙化、肾结石及软骨病、肾性尿崩；血管的并发症；出现过敏性紫癜样皮疹是最常见的；还有就是关节肌肉的病变，出现一过性的关节炎，肌无力和肌痛比较常见；神经系统的病变，出现周围神经和颅神经的病变，主要累及的是感觉纤维，表现为对称性的周围性神经病和多发性的单神经炎；如果影响到了自身免疫性的内分泌疾病，会出现自身免疫性的甲状腺炎；血液系统的并发症，伴有贫血、白细胞下降、血小板降低，甚至有出血倾向；干燥综合征患者的血液系统恶性肿瘤的发生率明显增高，主要有巨球蛋白血症、非霍奇金淋巴瘤和多发性骨髓瘤。
