顽固性便秘首先要从根本原因上治疗：
1、顽固性便秘因长期服用泻药，导致肠神经损伤，故应停服刺激性泻药，减少神经损伤；
2、顽固性便秘的最初原因是肠道菌群紊乱，无法发酵食物残渣，使大便变硬，要在补充肠道菌群的基础上治疗。一方面补充肠道菌群，可以使肠道食物残渣得到发酵，使大便变得软化。另一方面肠道菌群也可发酵素食物产生短链脂肪酸，促进肠道蠕动。肠道菌群还可以促进肠道神经再生和修复。以往认为刺激性泻药导致肠神经损伤，使神经不可再生，因其为永久细胞，不可再生。但现在认为由于神经干细胞的原因，服用菌群药物，包括益生菌可以促进肠道神经再生，让肠道功能逐步恢复；
3、由于肠道神经损伤，恢复需一段时间。顽固性便秘可同时加用渗透性泻剂，较安全。使用渗透性泻剂不会损伤神经，肠道不会发黑，且是大分子物质不能被人体吸收，对肝、肾没有影响，可以服用较长时间，可以保住水分，在短期内使大便软化。通过结合渗透性泻剂和肠道菌群补充，可以取得比较好的效果；
4、如果效果不佳，肠蠕动性太差，建议在专业医院进行住院治疗，如减少非常不容易消化的食物摄入，补充肠内营养，以流质性食物为主，减轻肠道负担，再补充大剂量益生菌，对于顽固性便秘可起到较好的效果。
