反复发作是生殖器疱疹疾病的典型特点之一，主要与致病病毒可潜藏而难以彻底杀灭有关。
神经节是不少生殖器疱疹病毒的庇护所，而一般药物很难杀死此部位的病毒，因此易反复发作。对此，可采用西药和中药结合治疗，先利用西药杀灭已诱发症状的病毒，并达到消炎和去除疱疹的效果，再利用中药调节，抑制剩余病毒的复制功能，预防再次发作。
西药治疗时，常用药物为阿昔洛韦或泛昔洛韦等，去正规医院咨询医生后，可获知用法及剂量，切不可擅自服用，若剂量过大，可能造成身体负担加重，尤其是加重肾脏负担。再使用川黄连、菌陈和野菊花等中草药根据具体辩证进行调理用药治疗。
此外，免疫疗法可起到很好的预防发作效果。生殖器疱疹治愈后，潜藏病毒会在患者身体免疫下降时大量繁殖，造成复发。因此，要保证身体免疫力处于较好的状态，可防止复发。平时多锻炼身体，少生病感冒，注意饮食营养和休息等，还可注射卡介菌多糖核酸等来帮助提高免疫力。
生殖器疱疹较难根治，反复发作也很常见，一般采用西药治疗，中医可起到辅助效果，增强免疫力能有效预防复发。
