巧克力囊肿的治疗首选腹腔镜手术治疗，根据患者的年龄和生育要求，可以做保留生育功能的手术，术中尽量切净或破坏所有可见的异位内膜病灶，分离粘连，恢复正常的解剖结构，保留子宫、一侧或双侧卵巢。
因术后易复发，需于术后尽早怀孕或药物治疗防止复发。
对于没有生育要求的45岁以下巧克力囊肿III～IV期的女性患者，可以切除盆腔内病灶及子宫、保留一侧或部分卵巢以减少复发率。
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