患有阿米巴结肠炎，首先是一般治疗：急性阿米巴结肠炎的患者，应该卧床休息，给予流质或者少渣饮食。如果是慢性患者应该加强营养，注意避免进食刺激性的食物。如果，腹泻严重时可适当补液及纠正水与电解质紊乱。重型的患者给予静脉输液和输血等支持治疗。还有病原治疗，目前常用的抗阿米巴的药物有硝基咪唑类，如甲硝唑、替硝唑、奥硝唑、塞克硝唑和二氯尼特。甲硝唑的用量是成人口服每次0.4g，3次/天，10天为一疗程。替硝唑，成人每天是2g，1次口服，连服5天为一疗程。重型阿米巴病可静脉滴注。其他硝基咪唑类，成人口服奥硝唑每次0.5g，2次/天，10天为一疗程。成人口服塞克硝唑每天2g，1次口服，连服5天为一疗程。二氯尼特，是目前最有效的杀包囊药物，口服每次0.5g，3次/天，疗程10天。
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