先天性心脏病的发病原因有很多，如遗传因素，大约占8%左右，而约92%则为环境因素。
一般认为，妊娠早期是胎儿心脏发育最重要的时期，而妊娠时期服用药物、感染病毒、环境污染、土壤污染，射线辐射等诸多原因，都会使胎儿心脏发育异常，尤其是在妊娠的前三个月内感染风疹病毒，则可能会使患者患上先天性心脏病的风险急剧增加。
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