胆肠吻合就是把胆管跟小肠做吻合手术，最常见的并发症自然是吻合口瘘，胆管、肠管都受血液供应，如果吻合口周围胆管壁或者肠壁没有止好血，容易出现出血，所以出血也是比较常见的并发症。往往胆管比肠细，用比较细的胆管接肠时，由于两个管腔直径差很多，时间长以后胆管有可能会狭窄，吻合口不通畅，所以常见并发症还有吻合口狭窄。
另外还有胆瘘会造成腹腔感染，会出现肠间隙脓肿。做手术要通过腹部切口做，当然也会出现切口并发症，比如切口感染等。腹部手术通常都会发生，如术后急性胃扩张、肺部感染、尿路感染、尿潴留等并发症。总体而言，胆肠吻合是腹部大手术，并发症也不是很少见。
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