自然环境缺碘是指土壤和水含碘不足。
导致自然环境缺碘主要有三方面的原因：
1、大约在第四纪冰川期，由于冰川溶化，冰水冲刷，将富碘的成熟土壤大量冲走。而由裸露岩石形成的新土壤，其碘含量仅为原成熟土壤的四分之一，这就造成世界上大部分地区环境碘缺乏，这是自然环境碘缺乏最主要的原因；
2、洪水泛滥致使局部地区土壤中的碘连同土壤被冲走而加重碘缺乏；
3、由于植被破坏，地表土壤被风、沙、雨水、河流带走，致使土壤表面裸露，造成碘被淋滤并大量丢失，这种现象在山区更为明显。
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