肥厚型心肌病的病因可能是因为遗传因素，因为有明显的家族性遗传倾向，在一个家族中可能有多个人发病，所以考虑和遗传有很大的关系，而且经过临床研究，至少有十几种不同的基因和肥厚型心肌病有关。遗传缺陷可以引起儿茶酚胺与交感神经系统的异常，容易伴发神经组织疾病、甲亢、胰岛素分泌过多，高血压药物用β受体阻滞剂美托洛尔或者普萘洛尔都有效果，高儿茶酚胺血症也可以导致心肌肥厚、坏死。所以，肥厚型心肌病有可能就是因为内分泌紊乱引起。
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