人体正常肠道内存在有害微生物和有益微生物，但这两种微生物平时处于一种动态平衡，相互协调来维护肠功能的平衡，不引起肠道疾病。但如果因为长期使用抗生素，或者由于某种疾病导致这两种微生物的平衡破坏，就可能引起肠功能紊乱的出现。最常见的表现是，腹痛、腹泻、腹胀，不消化等，但检查肠镜或者大便常规时没有明显的病理性改变，就多考虑肠紊乱的疾病，针对上述情况，可以口服肠道益生菌，改善肠道内环境，结合目前所出现的症状对症用其他药品缓解症状，另外对于可以引起肠紊乱的其他肠外疾病，进行积极检查和对症治疗。
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