脊索瘤病人的平均寿命大约是6.3年。正是因为脊索瘤预后较差，所以，对于发现脊索瘤的患者，需要早期进行积极治疗。治疗方案目前推荐以广泛切除，辅以术后放射治疗为最佳方案。脊索瘤如果不进行任何治疗，平均生存率不超过2年。但是，不管采用哪种治疗方法，其复发率相对较高。如果肿瘤能够完全切除，联合放射治疗，5年复发率可以达到70%；对于不能完全切除的患者，联合放疗，复发率甚至可以高达100%，术后复发是导致患者死亡最主要的原因。为了延长患者的生存率，因此，需要强调在手术后进行定期影像学随访及复发指标的监测。
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