连花清瘟胶囊属于中成药，上市后的不良反应报告显示按照说明书推荐的剂量和疗程，辨证合理使用比较安全，患者普遍耐受性良好，不良反应较少，偶见患者服药后出现恶心、腹痛或大便次数增多等胃肠道反应，一般症状较轻微，停药后症状就可以消失。
如果情况严重请去医院就诊，对于出现胃肠道不良反应的患者可以饭后服药，以降低不良反应的发生率，还有极少数患者会出现皮疹、瘙痒等过敏反应，对此药过敏者禁用。连花清瘟胶囊属于非处方药，用药前需要仔细阅读药品说明书，发热体温超过38.5℃的患者，应去医院就诊。
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