神经内镜需要开颅，只是开颅的范围和大小比传统显微镜手术要小很多。老百姓认为开颅需要头皮切开头盖骨打开，神经内镜开颅比显微镜开颅方式要小，内镜不需要那么大的空间，而且现在更多的肿瘤是两种手段结合，比以前的开颅范围更小，但是仍可以用显微镜操作。
还有一种手术不是切开头皮，通常重要的神经内镜手术是经鼻子，也是开颅，只是不需要一层一层的切开头皮，需要把黏膜切开，到达颅内时打开颅骨，颅骨后边的硬膜也需要切开，也是开颅过程。
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