医院获得性肺炎最常见的致病菌是各种不同类型的肠道革兰氏阴性杆菌，如大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞杆菌、鲍曼不动杆菌等。医院获得性肺炎之所以常见的是肠道的革兰氏阴性杆菌，主要是由于住院时的平卧看不见胃肠道反流，会引起肠道病原菌的移位，导致肺部感染。
出现肠道病原菌通常与患者的抵抗力下降以及反复的用各种抗生素有关。除此以外，比较常见的病原菌是各种不同类型的真菌，如白念珠菌、非白念珠菌、曲霉菌等。
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