需要明确没有慢性肠胃炎这种疾病，只有慢性胃炎以及溃疡性结肠炎，这两种疾病的治疗方式不一样。对于慢性胃炎的治疗，先要明确有无幽门螺杆菌的感染。如果有感染，建议先根除幽门螺杆菌，很多炎症在根除幽门螺杆菌之后都可以得到缓解。
对于溃疡性结肠炎的治疗比较复杂，需要根据病人病情的程度，分为轻、中、重型。对于轻型的溃疡性结肠炎，患者可以口服5-氨基水杨酸类药物。如果该药效果不佳，或者病情属于中、重型的溃疡性结肠炎，患者可能需要用激素，以及免疫抑制剂的治疗，并且疗程可能长达数年，并且要终身通过结肠镜的方式进行监测。
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