克罗恩病治疗方案的选择需全面评估病情。治疗前先检查患者有无全身或局部感染。对于使用全身作用的激素、免疫抑制剂或生物制剂的患者，需在治疗过程中根据反应及对药物耐受情况随时调整方案。决定治疗方案前需向患者详细解释治疗方案的效益和风险，充分交流并取得合作后方可实施。
轻度克罗恩病活动期的治疗原则为控制或减轻症状，尽量减少药物对患者造成的损伤。氨基水杨酸制剂适用于结肠型、回肠型和回结肠型的克罗恩病的患者；而对于中度克罗恩病患者最常用治疗药物是激素，若激素无效或激素依赖，则需加用免疫抑制剂；重度克罗恩病或者治疗效果差的患者，可选择生物制剂或住院进行系统治疗。
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