对于胃底间质瘤来说，手术切除是唯一能够达到治愈的方法。所以对于胃底部的间质瘤来说，应当首先对患者进行全身彻底检查，明确是否有其余部位的转移，而如果患者肿瘤只局限于胃底部，没有其他部位转移，那手术是最好的治疗方式。但是不是所有患者在初次就诊时就能够施行手术切除，还需要看肿瘤大小，以及是否侵犯邻近器官。如果瘤体比较巨大，或者侵犯邻近器官，比如侵犯脾脏或侵犯膈肌，这样手术很难达到根治性效果，所以在间质瘤手术之前，服用一段时间靶向治疗药物，将瘤体缩小，达到肿瘤降期的目的，之后再通过手术治疗，才可以达到比较好的治疗效果。所以对于胃间质瘤患者来说，一定要根据肿瘤大小，以及侵犯器官来决定综合治疗方式，并不是说所有患者初次就诊时一定要立即进行手术治疗。
