患有严重的急性肾盂肾炎一般不损害肾脏功能，患者的血肌酐正常。
而严重的慢性肾盂肾炎是由于病原菌及导致感染的诱因不能彻底清楚，甚至急性肾盂肾炎迁延不愈，反复发作而转为慢性。
慢性肾盂肾炎后，肾盂肾盏瘢痕形成，变性，积水，肾实质纤维化，可导致肾的结构和功能出现异常，开始表现为肾小管浓缩功能降低，夜尿增多，尿比重下降和低渗透压尿，逐渐可出现肾性贫血，以及血肌酐和尿素氮的上升，进而可出现尿毒症的改变。
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