胃镜HP阴性是指胃镜组织活检快速尿素酶试验阴性，即经过化验以后，目前还没有发现幽门螺杆菌感染的证据，但是由于取材的局限性，组织活检并没有涉及整个胃腔黏膜，有可能出现假阴性的结果。
对于临床上经过治疗，症状仍然反复发作的慢性胃病、消化性溃疡，或者胃镜显示胃黏膜病变明显的患者，即使胃镜HP阴性，也不能排除存在幽门螺杆菌感染，建议进一步行碳13或碳14呼气试验检查更为准确。
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