柳氮磺胺吡啶越来越多地被用于免疫治疗，其副作用亦不容忽视，以下内容共参考。
1、建议餐后服用，或是同服碳酸氢钠。 口服会出现恶心、呕吐、上腹部不适或食欲不振。
2、需增加喝水量。柳氮磺胺吡啶对泌尿系统有损害、 尿液中的磺胺药一旦结晶析出，可产生结晶。
3、不可与甲氨蝶呤同时间服用。磺胺类药竞争甲氨蝶呤与血浆蛋白结合，使得游离血药浓度升高。两药是协同作用，建议间隔半小时。
4、按时吃药。柳氮磺胺吡啶在服药后3～5小时血药浓度达到峰值，此药半衰期为6～17小时。为了让血药浓度在一个恒定的范围，需按时吃药。
5、对生育系统的影响。柳氮磺胺吡啶会长期服用影响精子活力，会导致可逆性不育，停药后可恢复。
6、定期检查尿液。
7、定期检查血常规。强直性脊柱炎患者需长期使用柳氮磺胺吡啶来控制病情，而长期用药会出现血液系统反应，长期用药会抑制骨髓造血细胞。
8、孕妇和哺乳妇女慎用或禁用，以免药物竞争血浆白蛋白而置换出胆红素，使新生儿或早产儿血中游离胆红素增加导致黄痘，或者游离胆红素进入中枢神经系统导致核黄痘。
9、对磺胺类、水杨酸类过敏者禁用。
