中度的肠上皮化生主要是指胃黏膜被大肠黏膜或者小肠黏膜而取代，成为肠上皮化的一个表现，一般分为轻度、中度和重度的肠上皮化生。对于中度的肠壁肠上皮化生，多数属于良性病变，一般可以考虑继续临床观察。虽然有可能从中度进展为重度的肠上皮化生，但是这个时间一般也需要2-3年或者3-5年，只要定期的随访胃镜检查，多数不需要特殊处理。目前针对肠上皮化生，也可以给予羔羊胃提取物维生素B12药物治疗，具有逆转肠上皮化生的效果。肠上皮化生常常是幽门螺旋杆菌感染的诱因，所以需要抗幽门螺旋杆菌药物治疗。
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