食管癌患者进行化疗时有很多化疗药物都可以选择，比如对食管癌有效的药物包括博来霉素、丝裂霉素、阿霉素、表阿霉素、吡喃阿霉素、5-氟尿嘧啶、卡培他滨、替吉奥胶囊、甲氨蝶呤、顺铂、依托泊苷、紫杉醇、多西紫杉醇、脂质体紫杉醇、白蛋白紫杉醇、长春瑞滨。
通常情况下，这些药物两种或者三种组成一个联合的化疗方案，应用于食管癌的化疗当中，共同起到杀伤食管癌细胞的功能。但是对于晚期食管癌的病人，在应用这样联合化疗方案治疗的时候，要特别关注这些化疗方案所导致的不良反应。
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