慢性肝炎的病因有多种，包括病毒性肝炎、酒精性肝炎、非酒精性脂肪性肝炎或者由药物引起的慢性肝炎、自身免疫性的肝炎。由于我国是乙肝大国，乙肝携带者众多，很多慢性肝炎的患者都是乙肝导致，丙肝也可以导致慢性肝炎。乙肝和丙肝都容易导致慢性肝炎，最后肝纤维化、肝硬化甚至出现肝癌，其他原因例如饮酒、脂肪肝或者自身免疫性的肝炎也会引起慢性的肝炎。因此出现慢性肝炎需要至肝病门诊，明确肝炎的原因，进行对因治疗。
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