变异性咳嗽又可以称为过敏性咳嗽，过敏性咳嗽的治疗是抗过敏加止咳化痰、解痉平喘，抗过敏可以选择常用的口服的抗过敏的药物，如开瑞坦、孟鲁司特、西替利嗪、酮替芬等。通常可以选择一种抗过敏药，联合吸入性的糖皮质激素，加上β2受体激动剂的复合制剂，因为糖皮质激素吸入剂也有抗过敏的作用，最好再加用止咳化痰的中成药，如复方甘草口服液。
鉴于变异性咳嗽通常可能有炎症同时参与，在有炎症的基础上，气管、支气管可能会显示出高反应，因此当单纯的抗过敏、解痉平喘、止咳化痰效果不好，必要时可以联合大环内酯类的药物抗感染，协同抗过敏、止咳化痰、解痉平喘，临床效果会进一步的提高。
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