胰腺囊肿手术风险与病人原发病严重程度、手术创伤大小、手术复杂程度、病人全身状态相关。比如胰腺假性囊肿，在急性胰腺炎或胰腺外伤早期，最好选择胰腺囊肿穿刺置管引流手术。由于创伤小，操作简单，风险小；如果病期半年以上且超过5cm假性囊肿可能与主胰管相通，很难自行吸收，适合行囊肿空肠Roux-en-Y吻合或胃囊肿吻合手术；如果采取穿刺置管引流，虽降低手术风险，但能造成疾病长期不愈；另外位于胰头部较大真性胰腺囊肿，有潜在癌变风险，应行胰头十二指肠切除手术。由于手术复杂，风险也相应较大，但术前充分准备且由成熟专业团队实施，也可获得理想手术效果。
从这个角度而言，针对不同性质胰腺囊肿，只有最合适的手术方法，而没有所谓风险大小手术。成功手术取决于成熟专业团队围术期精心准备和治疗，以及医患之间相互充分理解和沟通。
