做胃镜不但能看到食道，在食道入口开始一直到食道和胃交界的贲门处，都可以清楚看见。所以胃镜检查时，除发现和诊断胃病以外，同样可以发现和诊断食道疾病，比如食道炎症，可以是反流性食管炎，也可以是其它因素造成的食道炎症。
胃镜检查更多用于诊断食道肿瘤，有良性肿瘤，如上皮性的乳头状瘤。恶性肿瘤最常见的是食道癌，大部分是鳞癌，还有部分是腺癌。鳞癌大部分是从上皮起源往腔内生长，所以胃镜诊断往往都能观察到。鳞癌尤其是基底细胞癌，不往腔内生长，一般往食管壁方向生长。还有部分腺癌同样不是往腔内生长，往壁上甚至腔外生长，这种食道癌在胃镜检查时往往较难发现、难诊断，需要借助于其它检查手段。
