清洁手术预防性应用的抗菌药物，主要以选择广谱抗生素类消炎药物为主，常见的有头孢类药物、大环内酯类药物、喹诺酮类药物等。
一般情况下，清洁手术是指预防性用药，多是与手术切口或者与有菌还是无菌有关。如果手术部位没有炎症，而且也不是泌尿生殖道、呼吸道以及其它跟外界相连的器官部位手术，通常不需要应用抗菌药物。但手术部位若是与外界相连，为了预防感染，则是需要应用预防性抗菌药物的。
当然，像是部分患者在清洁手术中的手术范围比较大，而且手术复杂，可能需要手术时间较长，可能为了避免造成污染，也会预防，用抗菌药物。此外，还有如一些重要器官的手术，如心脏手术和头颅手术等，这类手术也是要进行手术预防用药的，主要是怕发生感染，一旦发生感染将对患者的生命健康造成危害。
