胃肠道间质瘤首选外科手术。外科手术切除以后，根据肿瘤大小和核分裂象，术中有没有破溃，解剖位置来决定高、中、低危险度的划分。现在的标准来说，中、高危患者至少推荐5年的术后靶向伊马替尼治疗。对于一些高危患者来说，推荐5年，甚至终身治疗。低危患者随访观察就可以了。间质瘤对化疗是没有效果的，靶向治疗是唯一的金标准。软组织肿瘤由于种类多样，有70多种亚型，预后是不一样的。预后比较好的，像隆突性皮肤纤维肉瘤、纤维瘤病，早期手术切除彻底，是可以治愈的。预后比较差的上皮样肉瘤、透明细胞肉瘤、滑膜肉瘤是不能治愈的，一定要定期随访。像腺泡状软组织肉瘤有75%的概率会发生肺转移，所以随访是非常重要的。
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