慢性直肠炎大多为溃疡性直肠炎，经过临床治疗可以达到临床缓解。溃疡性直肠炎治疗包括内科治疗和外科治疗。内科治疗目标是诱导并维持症状缓解以及黏膜愈合，防治并发症，改善生存质量。常用药物为氨基水杨酸制剂、糖皮质激素、免疫抑制剂、抗生素等。氨基水杨酸制剂包括5-氨基水杨酸制剂，例如灌肠剂、栓剂和柳氮磺胺吡啶，用于轻中度溃疡性直肠炎的诱导缓解以及维持症疗。
糖皮质激素对急性发作期存在较好疗效，适用于对氨基水杨酸制剂疗效不佳的轻中度患者，特别适用于中重度活动期患者。免疫抑制剂适用于5-氨基水杨酸维持治疗效果不佳，症状反复发作以及激素依赖的维持治疗。此外，还可以使用生物制剂，例如英夫利昔单抗。外科治疗指征包括中毒性巨结肠、消化道大出血以及癌变。
