复发性口腔溃疡病因与免疫因素有关，有一部分患者与遗传因素有关。在门诊中发现有50%患者有一定遗传家族史，还有一部分患者与内分泌因素有关，比如女性患者在月经周期前后较容易溃疡发作。胃肠道功能紊乱临床有30%的患者有胃肠道症状，还有缺乏维生素或缺乏矿物质原因。病因较多，所以寻找病因时较困难，治疗也较困难。但不能病因不明确就不治疗，反复疼痛、反复发作都会严重影响日常工作和生活。
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