在进行电子结肠镜之前，首先要进行肠道准备，肠道准备是否彻底直接影响到电子结肠镜的观察。对于正常排便的病人，可以一次性进行清洁，通过口服泻药进行处理。如果是有患有慢性便秘的病人，则需要至少分2-3次进行自上而下的肠道清洁，否则大量的粪液储存在肠道内腔之中，会严重影响内镜下的观察，甚至影响内镜的通过，遗漏病变，这是术前准备的非常重要的一点。
对于存在大便性状改变的，或者有便血、慢性便秘、腹部不适、突然出现消瘦这种病人，都需要进行结肠镜检查。如果既往存在结肠息肉病史的人或者是家族中直系亲属存在患结直肠癌的病人，都需要及时进行结肠镜检查，以防这种息肉存在，越长越大，最终发生癌变。
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