对于卡氏肺孢子虫肺炎，影像学主要就是涉及肺泡和肺间质的改变。早期主要表现为两肺弥漫性的栗粒状阴影，肺门增浓，结构紊乱，而且胸部X线约20%的患者没有异常改变。随着病情进展，后期可见双肺弥漫性的间质改变，如絮状渗出性的片状实变影，可同时累及肺中心及肺边缘。
对于肺部的CT，比X线能够早期发现病变，磨玻璃样影是卡氏肺孢子虫肺炎最具特征性的影像学表现，还可以多发于肺段或亚段的双侧不均匀斑片状模糊影，晚期会出现网格样或蜂窝样改变。对于肺孢子虫肺炎的后期，肺脏损伤极度严重。由于存在机会性感染，容易感染艾滋病毒，所以后期的治疗比较复杂。
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