儿童由于接触的衣原体不同，它的病因也不完全相同。如果是肺炎衣原体，一般是通过呼吸道经过飞沫进行传播，一旦有肺炎衣原体的患者跟孩子近距离接触，呼吸道当中的飞沫就可以通过孩子的鼻咽部进入孩子的肺组织。一旦进入到孩子的肺组织之后，就会立刻粘附在易感宿主的细胞表面，进而大量的繁殖，从而导致孩子出现衣原体肺炎。
沙眼衣原体是通过眼、手的传播进入人体的，比如孩子和大人共用一块毛巾。如果大人有沙眼衣原体，就可以通过共用毛巾进入到孩子的眼睛，从而引起孩子出现沙眼衣原体引起的一系列的感染症状。
