三阶段的第一阶段即预处理，曾经有一段时间国内学界对此有一定争议，比如兰州大学医学院附院发了篇SCI文章，他们专门研究多大的皮损要进行预处理，多大的皮损直接进行冷冻或者激光，还有一些直接进行光动力。很多的治疗方案实际上都是经过大家的摸索之后，慢慢的达成共识，然后再推广。在数年前也都觉得小的皮损、比较柔软的，可以直接做光动力，效果也挺好，比较大的皮损如果直接做光动力。光动力学疗法主要的优势是针对亚临床和潜伏感染，而不是针对疣体的脱落，在针对疣体脱落方面它不会比激光或者冷冻要好，甚至还要差一些。所以对比较大的皮损，肯定要先清除疣体，叫预处理即第一步做。即便是比较小的皮损但只要肉眼可见，进行预处理之后，再进行光动力治疗，可以节约用药剂量，而且能够缩短病程，在疗效上也有所提高。
主要原理如下：
1、光动力学疗法主要针对亚临床和潜伏感染，有时候它的效果似乎对有些病人没有那么好，或者对有些疾病没有那么理想，其实是渗透性的问题，很可能这个药物的渗透没有那么好，所以它可能难以直接达到靶器官和靶组织。比如我们现在正在做一个前瞻性的随机对照研究，先用梅花针或者激光打孔，增加药物的渗透性。如果疣体本身高出平面，可能这时候涂上药物，它渗透到达基底以及药物的渗透性会受影响；
2、出现皮损后会有一些角化过度等这样的病理改变，这时候药物敷上后，它的渗透性也有问题；
3、把皮损当大面积的创面处理是不行的，但一定程度的清除后，很快进行敷药，这样去除角质层及皮肤屏障，这时候药物吸收会更好一些；
总之，进行预处理之后，再进行光动力治疗比较好。有人会问没有肉眼可见的皮损，能不能也先把它打掉一层，然后再进行光动力学治疗。1、如果没有这种皮损，尤其是黏膜区，它本身吸收度还可以，疗效可以达到；2、没有皮损的情况下，光动力学可以进行诊断性的定位，没有必要把这一个区域的表皮全部打掉。所以预处理主要针对那些肉眼可见的皮损，先进行激光、冷冻物理治疗或者其它的预处理，先把这些疣体去除，再进行光动力学治疗，会大大提高它的疗效。
