卵巢囊肿并非是一个疾病的诊断，一般是通过超声发现有卵巢的异常，表现为一个囊肿，超声上看有可能是无回声、中回声、低回声、强回声不同。
有些卵巢囊肿是生理性的，譬如卵巢每一个月都有排卵、排卵后黄体的生成，一般情况下，生理性的囊肿无需进行手术干预，如果超声无意检查发现有囊肿存在，随诊3个月经周期，大部分生理性的囊肿都会消失。这类囊肿一般在超声上表现为无回声。通过血CA125等一些辅助检查也可提示是否是良性的诊断，如果正常，一般可放心。一些例外的情况：如果是在月经来之前或者绝经后在卵巢上发现无回声的囊肿，往往是不正常的，需要警惕肿瘤的可能性，需要进行积极的干预。
卵巢上如果发现有中强性质的包块，一般是病理性的囊肿，导致病理性囊肿的原因很多，最常见的是卵巢来源的良性肿瘤，譬如卵巢成熟畸胎瘤，其它的一些譬如内膜异位症囊肿等等。无论是哪种性质的囊肿，凡是病理性的囊肿均应进行手术明确诊断并干预。目前腹腔镜手术是一种微创的手术方式，可很好对患者进行诊断和治疗。术后恢复快，痛苦小。
有些卵巢囊肿，如果合并有中等回声，并且如果提示有血流信号，那么需要警惕是恶性肿瘤的可能性。当然体格检查、一些血CA125的检查也有助于在术前提示诊断。如果怀疑是恶性的囊肿，不宜行腹腔镜手术，以免导致肿瘤的扩散。
