普通肠镜检查是在患者清醒的情况下，用相对较大的传统肠镜从肛门进入镜身80cm来检查一米半的大肠内结构变化。因检查时肠镜要通过大肠的几个正常的生理弯曲，还要充气才能看清肠内情况，所以会产生腹胀、疼痛等不适感。无痛肠镜是在全麻下进行的，机械更小巧更精细，患者没有痛感，电镜下检查更清晰，患者家属也能同时看到病变组织情况，十几分钟检查结束后即可清醒，无恐惧感，医患配合良好。但是费用稍高，也需要家属陪同。心梗、心绞痛及年老体衰者禁止进行肠镜检查。
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