子宫颈管黏膜为单层高柱状上皮，黏膜内含有腺体，可分泌黏液。而子宫颈阴道部由复层鳞状上皮覆盖，复层鳞状上皮在取代柱状上皮过程中，新生鳞状上皮可覆盖子宫颈腺体，腺管开口或者伸入腺管，将腺管口阻塞，导致腺体分泌物引流受阻、潴留而形成囊肿。
如果子宫颈局部损伤或子宫颈慢性炎症使腺管口狭窄，也可导致子宫颈腺囊肿形成。因此，子宫颈腺囊肿绝大多数是子宫颈生理性变化。
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