甲胎蛋白的正常值在0-25ng/mL以内，当然每家医院的参考值可能稍有不同。
甲胎蛋白是诊断原发性肝癌的主要肿瘤标志物之一，如果甲胎蛋白>400ng/mL，持续一个月以上，结合B超、CT或者磁共振发现有肝脏的占位性病变，就可以诊断原发性肝癌，原发性肝癌的诊断不需要病理检查，只要通过甲胎蛋白的值，结合影像学就可以诊断。所以，甲胎蛋白在临床上意义还是非常重要的，应用也非常普遍。
当然对于甲胎蛋白轻度升高，如超过正常10ng/mL或者20ng/mL以内，也有可能是慢性肝炎、肝硬化引起的。这时需要动态的观察，以及结合CT、磁共振，影像学上有没有典型的原发性肝癌的特点，影像学原发性肝癌的主要是快进快出的特点。
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