治疗植物神经功能紊乱的方法，要通过生活习惯的调整，不要熬夜、疲劳，白天尽可能不要睡觉，调整自己的情绪、性格。可以通过自我催眠，以及心理治疗等改善和调整自身的植物神经。同时，要给予药物治疗的方法，可以用谷维素以及中成药、乌灵胶囊、枣仁安神胶囊和百乐眠等改善情绪和睡眠。
可以选用5-羟色胺再摄取抑制剂，调整因为植物神经功能紊乱造成的情绪症状和躯体的症状。还可以用去甲肾上腺素再摄取抑制剂，来治疗躯体化的症状和睡眠症状，通过综合的治疗方法来改善症状。
