脑干梗塞的病灶不能恢复，会形成软化灶，但脑干梗塞的症状可以恢复一些。大部分患者经过规范治疗和康复锻炼，80％功能都能得到恢复。脑干梗塞患者的恢复程度，与脑干梗塞的严重程度、部位，以及治疗的积极程度和是否及时治疗有关。
如果是大面积的脑干梗塞，包括脑桥、中脑、延髓都有梗塞，这类患者病情较重，一般很难恢复。对于病情较轻的脑干梗塞患者，一般在发病6小时内，可以通过溶栓、取栓等治疗，直接打通血管，使梗塞的病灶恢复血供，从而改善不适症状。这部分患者后续有很大概率能够恢复。
如果患者错过了脑干梗塞的溶栓、取栓的时间，可在医生指导下采用改善微循环和营养脑神经的药物进行治疗，例如阿司匹林、阿托伐他汀等药物，促进脑功能恢复。通过积极的保护大脑、改善循环治疗，可以使大脑功能逐渐恢复。
另外，康复训练治疗对于脑梗患者的恢复也尤为重要，可根据患者自己的肢体运动能力以及瘫痪程度，进行被动运动和主动运动的康复训练治疗。一般通过药物和康复训练的综合治疗，可以恢复一部分脑干梗塞造成的功能。
