药物球囊常用于治疗心血管疾病，可抑制扩张的血管平滑肌细胞的增殖，从而发挥发生再次狭窄的预防作用。对于病变的小血管，不能使用支架治疗，则可通过药物球囊治疗病变的小血管，有近期手术者发生血管狭窄也可以使用药物球囊。药物球囊在介入中的运用十分广泛，使用支架治疗者发现还有残余的狭窄，也可以使用药物球囊。使用支架治疗后，支架在治疗中未能充分扩张，导致小于参考的直径时，可以使用药物球囊补救。在放好支架后发现支架与血管壁贴合不佳的时候，对于有血管发生钙化性病变者，也可以使用药物球囊治疗。
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