长期头痛的原因包括脑部疾病引起的继发性头痛以及原发性头痛，出现长期头痛要做头部CT或磁共振的影像学检查，确定是否是由脑部疾病而引起的继发性头痛。
继发性的头痛原因包括脑梗死、脑出血的后遗症，以及脑肿瘤、动脉瘤、动静脉畸形等。
原发性头痛包括偏头痛以及紧张性头痛者，这些可以引起长期头痛，一般都有一定的精神诱因，药物使用不当或药物过量可以引起出现长期的慢性头痛。
另外焦虑、抑郁症的躯体化症状也可以引起长期的头痛，需要进行心理治疗。
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