子宫内膜异位囊肿，即子宫内膜生长于卵巢以及其它部位，并形成囊肿。对于此类囊肿一般可以通过微创手术，比如腹腔镜手术从卵巢将其剥离，并冲洗干净。所以微创手术可以用于处理巧克力囊肿。对于患者而言，巧克力囊肿直径一般在4cm以上则应进行手术。若囊肿体积比较小，直径为1-2cm或者2-3cm，同时患者存在生育要求，则可以于生育后再观察囊肿。但如果囊肿比较大，则将影响生育，因此通常囊肿直径超过4cm以上会建议进行手术。
因为子宫内膜受卵巢激素的影响，每个月会出现剥脱和出血，从而会形成一种出血性囊肿。而出血可随时间延长变成较黑，较为黏稠的血液，所以医学名词将其称为巧克力囊肿。手术当中可以看到巧克力囊肿主要生长在卵巢上，术中若将囊肿剥离，流出的液体则将呈巧克力颜色、巧克力性状。
