在临床上通过气管镜是能够检查出肺结核的。尤其是对于非常不典型的肺部的X光片，或者是CT、核磁共振，很多时间无法看出肺部有结核病灶。需要考虑其他部位有结核的病灶，比如支气管黏膜。可以通过做气管镜，能够发现气管支气管黏膜有结核病灶，可以用于诊断支气管内膜结核。可以取活组织，做病理学的检查，以及结核杆菌的培养甚至还可以做药物敏感试验。既可以确诊，也可以选择相对敏感的抗结核药物，来调整治疗方案。
