甲硝唑主要是用于治疗和预防厌氧菌引起的系统和局部的感染，副作用主要是消化道反应。包括恶心、呕吐、食欲不振以及腹部绞痛，一般都不影响继续治疗。还有神经系统的症状，比如有头晕、头痛，偶尔还有感觉的异常、肢体麻木、共济失调以及多发性神经炎等。大剂量也会发生抽搐，少数病例还会发生荨麻疹、面部潮红、瘙痒、膀胱炎、排尿困难、口中有金属异味。或者是白细胞减少等，这些症状都是可逆性，停药后一般都会自行恢复。
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