多重耐药菌指的是一种病原微生物，对三类或三类以上的抗生素同时耐药的情况。目前临床上常见的多重耐药菌有耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌，耐万古霉素的肠球菌，耐碳青霉烯类的鲍曼不动杆菌，以及多重耐药的铜绿假单胞菌等。多重耐药菌是院内感染的常见病原体，可能引起外科手术部位的感染、泌尿系统的感染，与插管、置管相关的管道内的血液感染等。多重耐药菌的防治，必须要重视对于重点病人的管理，要实行严格的消毒隔离制度，并且要对抗生素进行严格的分级管理，避免滥用抗生素。
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