肝部彩超通常能够发现肝癌，但要真正发现小肝癌应该做磁共振。在B超下一般很难发现5mm以下小肝癌，但若做磁共振5mm肝癌多能看得见。所以，有些小病灶适合做肝脏磁共振检查。如果患者做肝癌普通筛查，可能查B超看的不清楚。如果患者有家族肝炎病史，可以做磁共振检查。若已经有肝硬化，更应做肝核磁共振检查。有时B超看肝硬化结节不清楚，故做磁共振更好，超声相对更方便、便宜。
但超声对肝癌检查有局限性，每个人水平不一样，部分医生水平比较差，扫过去没看到或没仔细看便会漏掉，尤其膈面、肠胀气影响等区域不易观察到，如超声检查时腹中有气，影响观察。所以，患者在做超声之前尽量少吃豆子、栗子等产气食物，以及少喝牛奶，做好肠道准备。
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