肝癌相关的肿瘤标志物中，比较常用的是甲胎蛋白(AFP)，它反映肿瘤的负荷和严重程度。临床上常发现肝癌患者甲胎蛋白增高，但也有5%-10%的肝癌患者甲胎蛋白不高，提示可能是其他类型的肝癌，如肝胆管细胞癌、混合细胞型肝癌。除了甲胎蛋白增高之外，部分患者合并有CA125、CA199等肿瘤标志物的增高。
在疾病过程中，肿瘤标志物可以评估疾病严重程度，判断是否复发、转移，以及瘤负荷状态。但肿瘤标志物增高不代表一定是肿瘤所引起，如慢性肝炎患者AFP显示轻度增高，这时需结合患者影像学诊断以及相应的症状和体征，来判断患者病情。对于肝癌患者，无论是早期诊断，还是根治性手术后，做治疗过程中监测疗效，都需要密切关注AFP的变化。
